Madeleine Leclair mène une double activité professionnelle dans les domaines de la muséographie de la musique et de la recherche en ethnomusicologie. Elle travaille au musée du quai Branly depuis 2000. Elle y est responsable de la collection des 10 000 instruments de musique en provenance d'Amériques, d'Asie, d'Afrique et d'Océanie, conservés dans la tour de verre tenant lieu de réserve instrumentale, dont elle a conçu l'organisation muséographique. Elle est à l'initiative d'un projet d'exposition de la musique qui prend la forme d'une installation multimédia diffusée dans les deux " boîtes à musique " situées dans les espaces publics du musée et exclusivement dédiées à la l'écoute et à la découverte des conditions d'existence de neuf répertoires musicaux. Elle dirige un projet multimédia, en cours de réalisation, qui proposera aux visiteurs du musée des pistes d'écoute et de compréhension destinées à valoriser le savoir musical et les spécificités d'une douzaine de répertoires.
Elle a entrepris, depuis 1996, un travail de recherche sur les pratiques musicales d'une communauté de femmes initiées au culte d'une importante divinité, Naa Boukou, chez les Itcha du Bénin et es Ifè du centre du Bénin (sous-groupe yoruba). Par une approche inscrite dans le cadre d'une anthropologie du secret, elle analyse les principaux « secrets de fabrication » de la composition du répertoire, de son cadre religieux, et du rituel.